Un repas disparaît de notre vue en quelques minutes, mais sa transformation ne fait alors que commencer. Avant que les protéines, les glucides ou les lipides puissent être utilisés par l’organisme, les aliments doivent être fragmentés, mélangés à différents sucs digestifs puis transformés en éléments suffisamment petits pour franchir la paroi intestinale.
Ce parcours mobilise successivement la bouche, l’œsophage, l’estomac, l’intestin grêle et le côlon, avec l’intervention du foie, de la vésicule biliaire et du pancréas. Le microbiote intestinal entre lui aussi dans cette chaîne, mais son rôle n’est pas identique à celui de nos enzymes digestives.
Une grande partie des nutriments est déjà digérée et absorbée avant l’arrivée dans le côlon. Les micro-organismes intestinaux interviennent surtout sur certains composés qui ont résisté aux étapes précédentes. Suivre le voyage des aliments permet donc de situer précisément leur contribution sans attribuer au microbiote l’ensemble du travail digestif.
Comment la digestion commence-t-elle dans la bouche et l’estomac ?
La digestion commence avant même que les aliments atteignent l’estomac. Les dents réduisent mécaniquement leur taille tandis que la langue les mélange à la salive. Cette fragmentation facilite la formation du bol alimentaire et augmente la surface sur laquelle les enzymes pourront ensuite agir.
La salive ne sert pas seulement à humidifier les aliments. Elle contient notamment une enzyme qui commence à transformer certains glucides complexes. Le National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases rappelle que cette première étape chimique s’ajoute au travail mécanique de la mastication. Une fois avalé, le bol alimentaire progresse dans l’œsophage grâce aux contractions musculaires du tube digestif.
L’estomac poursuit la transformation en brassant son contenu avec des sécrétions acides et des enzymes. Les aliments y deviennent progressivement une préparation semi-liquide. Les protéines commencent notamment à y subir des transformations importantes avant le passage vers l’intestin grêle.
L’estomac n’a cependant pas pour fonction d’absorber la majorité des nutriments. Son rôle consiste surtout à stocker temporairement le repas, à le mélanger et à contrôler progressivement son passage vers la suite du tube digestif. L’essentiel de l’absorption aura lieu plus loin.
Quel rôle jouent le foie, le pancréas et l’intestin grêle dans l’absorption des nutriments ?
L’arrivée du contenu de l’estomac dans le duodénum marque une nouvelle étape. Plusieurs sécrétions digestives vont poursuivre la transformation des protéines, des glucides et des lipides afin d’obtenir des molécules que l’organisme pourra réellement absorber.
Le pancréas libère dans l’intestin des enzymes capables d’agir sur les grandes familles de nutriments. Le foie produit pour sa part la bile, stockée entre les repas dans la vésicule biliaire. Cette bile facilite la digestion des graisses en permettant leur dispersion dans le contenu intestinal, ce qui rend l’action des enzymes plus efficace.
La paroi de l’intestin grêle possède une structure particulièrement adaptée aux échanges. Sa grande surface permet le passage d’une majorité des nutriments issus de la digestion vers le sang ou la circulation lymphatique. Les glucides sont notamment réduits en sucres simples, les protéines en acides aminés et les lipides en composants suffisamment petits pour être absorbés.
À ce stade, une grande partie de ce qui pouvait être digéré par nos propres enzymes a déjà été transformée. Tout ne franchit cependant pas la paroi de l’intestin grêle. Certains composés poursuivent leur trajet vers le gros intestin, où les conditions changent et où l’activité microbienne devient beaucoup plus importante.
Que devient ce qui n’a pas été digéré avant d’arriver dans le côlon ?
Le côlon reçoit un contenu très différent du repas initial. De nombreux nutriments ont déjà été absorbés, mais il reste notamment de l’eau, des composés alimentaires non digérés et différents résidus issus du fonctionnement du tube digestif.
Le gros intestin joue d’abord un rôle important dans la récupération de l’eau et de certains électrolytes. À mesure que le contenu progresse, il devient plus concentré avant la formation puis l’évacuation des selles. Le transit colique ne constitue donc pas uniquement une étape d’élimination.
Certains glucides échappent également à la digestion complète dans l’intestin grêle. C’est notamment le cas d’une partie des fibres alimentaires et de différents composés que nos propres enzymes ne savent pas dégrader efficacement. Ils arrivent alors dans une région du tube digestif particulièrement riche en micro-organismes.
Cette rencontre constitue le point précis où microbiote et digestion deviennent étroitement associés. Les bactéries intestinales disposent de capacités enzymatiques différentes des nôtres et peuvent exploiter certains substrats restés inutilisés jusque-là. Elles prolongent donc une partie de la transformation alimentaire après l’action des organes digestifs humains.
Quel rôle le microbiote intestinal joue-t-il réellement dans la digestion ?
L’activité digestive du microbiote repose principalement sur les capacités métaboliques des micro-organismes vivant dans l’intestin. L’Inserm rappelle qu’ils participent notamment à la fermentation de substrats et de résidus alimentaires que les cellules humaines ne peuvent pas dégrader seules.
Cette fermentation transforme certains composés en molécules plus petites. Parmi elles figurent des acides gras à chaîne courte produits lors de l’utilisation de certaines fibres par les bactéries intestinales. Une partie de ces molécules peut ensuite être utilisée localement par les cellules du côlon ou absorbée par l’organisme.
Les micro-organismes participent aussi à la transformation de différents constituants alimentaires et à la synthèse de certaines vitamines. Cette activité ne signifie pas que le microbiote remplace la digestion humaine. La majorité des protéines, des graisses et des glucides disponibles sont déjà traités par nos organes et nos enzymes avant l’arrivée dans le côlon.
Cette répartition des rôles permet d’éviter deux raccourcis fréquents. Une digestion normale ne dépend pas uniquement de la flore intestinale et toutes les sensations digestives ne peuvent pas être expliquées par un microbiote supposé déséquilibré. Bouche, estomac, foie, pancréas, intestin grêle, côlon, muscles digestifs, enzymes et micro-organismes participent chacun à des étapes différentes.
Le microbiote occupe donc une place particulière plutôt qu’une place centrale dans chaque phase de la digestion. Il intervient surtout à la fin d’un parcours déjà largement engagé en utilisant certaines ressources que notre propre équipement enzymatique laisse derrière lui. C’est cette complémentarité qui explique pourquoi digestion humaine et activité microbienne sont intimement liées sans être confondues.