Le microbiote intestinal est désormais associé à de nombreux domaines de la santé, au point qu’une nouvelle relation observée peut rapidement être transformée en promesse. Le sommeil n’échappe pas à ce phénomène. Certaines études humaines montrent bien que des caractéristiques du microbiote évoluent avec certains paramètres nocturnes, mais elles ne démontrent pas encore qu’agir sur les bactéries intestinales permet de mieux dormir.
La question la plus intéressante se situe précisément dans cet écart. Des personnes présentant une plus grande diversité microbienne semblent-elles avoir un sommeil différent et, surtout, peut-on déterminer dans quel sens fonctionne cette relation ?
Une étude publiée en 2019 apporte un signal utile, mais aussi une excellente illustration des limites à respecter avant de transformer une association entre microbiote et sommeil en conseil alimentaire ou en promesse de probiotiques.
Une petite étude humaine a relié diversité microbienne et plusieurs paramètres du sommeil
Robert Smith et ses collègues ont suivi de jeunes adultes afin de comparer leur microbiote intestinal et leur sommeil. Après les exclusions prévues par le protocole, l’analyse finale portait sur 26 hommes âgés en moyenne d’un peu plus de 22 ans.
Le sommeil était suivi pendant trente jours par actigraphie, grâce à un dispositif porté par les participants. Des échantillons permettaient parallèlement d’étudier la diversité du microbiote intestinal.
Les chercheurs ont observé qu’une plus grande diversité globale du microbiote était associée à une meilleure efficacité du sommeil et à une durée totale de sommeil plus élevée. Elle était également liée à moins de temps passé éveillé après l’endormissement.
Ces résultats ne permettent pas de classer un microbiote comme bon ou mauvais à partir d’un seul chiffre. La diversité décrit une caractéristique de l’écosystème intestinal et peut varier entre des personnes en bonne santé. Dans cette étude, elle accompagnait certains paramètres favorables du sommeil sans prouver qu’elle en était la cause.
L’association ne dit pas si l’intestin précède la mauvaise nuit
Le principal problème d’interprétation vient de la direction de la relation. Une diversité microbienne particulière pourrait participer à un environnement physiologique favorable au sommeil. Mais le scénario inverse reste également possible.
Une personne qui dort peu ou à des horaires irréguliers modifie parfois simultanément ses heures de repas, ses périodes de jeûne nocturne, son niveau d’activité physique et d’autres habitudes quotidiennes. Ces changements peuvent à leur tour influencer l’environnement intestinal.
L’étude de Smith ne permettait pas de déterminer lequel de ces phénomènes précédait l’autre. Elle constatait que certaines caractéristiques du microbiote et du sommeil évoluaient ensemble chez les participants observés.
La relation pourrait même être bidirectionnelle. Le sommeil peut modifier le terrain quotidien dans lequel évolue le microbiote, tandis que l’activité de l’écosystème intestinal pourrait participer en retour à certains échanges physiologiques. Cette possibilité reste différente d’une causalité démontrée.
Les mécanismes immunitaires restent des hypothèses de travail
Les chercheurs ont également exploré des marqueurs susceptibles d’aider à comprendre l’association observée. Ils se sont notamment intéressés à l’interleukine 6, une molécule impliquée dans les réponses immunitaires et elle-même liée à différents aspects de la physiologie du sommeil.
Ces observations offrent des pistes biologiques, mais elles ne constituent pas encore un mécanisme démontré allant du microbiote jusqu’à une amélioration mesurable de la nuit. Entre la présence de certaines bactéries, les molécules produites dans l’intestin et le fonctionnement du sommeil humain, plusieurs étapes restent à préciser.
Il serait donc excessif de présenter aujourd’hui l’axe intestin-cerveau comme une explication suffisante des troubles du sommeil. Le microbiote s’inscrit dans un ensemble de communications physiologiques complexes sans constituer une commande directe de l’endormissement ou du sommeil profond.
Observer un microbiote différent ne prouve pas qu’un probiotique améliorera le sommeil
Une association entre diversité microbienne et sommeil peut rapidement susciter une question pratique. Faudrait-il modifier son microbiote pour mieux dormir ? L’étude de Smith ne permet pas de répondre oui.
Les participants n’ont reçu ni probiotique, ni prébiotique, ni régime destiné à modifier leur flore intestinale. Les chercheurs ont observé leur situation existante. Rien ne permet donc de conclure qu’une intervention destinée à augmenter certaines bactéries reproduirait les associations mesurées.
La petite taille de l’échantillon impose une seconde prudence. Vingt-six jeunes hommes ne représentent ni les femmes, ni les personnes âgées, ni les patients présentant une maladie digestive ou un trouble du sommeil diagnostiqué.
Le microbiote intestinal et le sommeil constituent ainsi un champ de recherche crédible, mais encore insuffisant pour transformer une corrélation en stratégie nocturne. À ce stade, le résultat le plus solide est plus modeste. Chez les participants étudiés, une plus grande diversité microbienne accompagnait plusieurs paramètres favorables du sommeil, sans que l’on puisse dire lequel des deux phénomènes dirigeait l’autre.