Yaourt, kéfir, choucroute, kimchi, miso ou kombucha partagent un point commun sans pour autant être interchangeables. Tous passent par une fermentation au cours de laquelle des microorganismes transforment une partie des composants de l’aliment. Cette transformation peut modifier son goût, sa texture, sa conservation et sa composition avant même qu’il arrive dans notre assiette.
Leur réputation a pourtant dépassé depuis longtemps ces propriétés alimentaires. Les produits fermentés sont régulièrement présentés comme un moyen de « régénérer la flore intestinale » ou d’apporter automatiquement de bonnes bactéries. La réalité est plus nuancée. Leur composition microbienne varie énormément et certains produits ne contiennent même plus de microorganismes vivants au moment où ils sont consommés.
L’intérêt des aliments fermentés pour le microbiote intestinal existe donc, mais il ne repose pas sur une règle selon laquelle chaque bouchée ajouterait durablement de nouvelles bactéries à l’intestin. Leur influence dépend du produit, de sa fabrication et probablement aussi du microbiote de la personne qui le consomme.
La fermentation alimentaire transforme-t-elle seulement le goût des aliments ?
La fermentation commence avant l’ingestion. Des bactéries, des levures ou d’autres microorganismes utilisent certains constituants de l’aliment et produisent à leur tour différentes substances. Dans un yaourt, des bactéries lactiques transforment notamment une partie du lactose. Dans des légumes fermentés, d’autres communautés microbiennes interviennent au cours de l’acidification du produit.
Cette activité distingue la fermentation alimentaire de celle qui se déroule ensuite dans le côlon. Il s’agit de deux phénomènes différents. Un chou peut être fermenté avant d’être mangé, tandis que certains composants alimentaires arrivés dans le gros intestin peuvent ensuite être utilisés par les microorganismes qui y vivent déjà. La présence du même mot ne signifie donc pas que les mécanismes sont identiques.
La transformation préalable de l’aliment peut aussi produire des acides organiques, des peptides et de nombreux autres composés selon le produit et les microorganismes impliqués. Il serait cependant excessif d’attribuer à l’ensemble des aliments fermentés les propriétés observées avec une préparation précise.
Le terme « aliment fermenté » rassemble en réalité une famille extrêmement diverse. Un kéfir de lait, une choucroute, un miso et un kombucha ne partagent ni la même matière première, ni les mêmes microorganismes, ni les mêmes transformations. Leur effet potentiel sur le microbiote ne peut donc pas être résumé par une promesse unique.
Yaourt, kéfir, kimchi ou miso contiennent-ils encore des microorganismes vivants ?
La fermentation nécessite l’intervention de microorganismes, mais leur présence pendant la fabrication ne garantit pas qu’ils seront encore vivants au moment de la consommation. La chaleur appliquée après fermentation peut réduire fortement leur nombre ou les éliminer. Certains produits sont justement chauffés ou pasteurisés afin d’améliorer leur conservation.
D’autres aliments conservent des cultures vivantes. C’est notamment le cas de nombreux yaourts et de certains kéfirs ou légumes fermentés non pasteurisés. Même dans cette situation, leur composition n’est pas identique. Les espèces présentes dépendent de la recette, des ferments utilisés, de la durée de fermentation et des conditions de fabrication.
Cette diversité est importante car elle empêche de considérer « les aliments fermentés » comme une dose standardisée de microorganismes. Une portion de kimchi artisanal ne peut pas être assimilée à un yaourt contenant des cultures précisément sélectionnées. La quantité de microorganismes ingérés peut elle aussi être très différente.
La présence de microorganismes vivants ne suffit pas davantage à transformer automatiquement un aliment fermenté en aliment probiotique au sens scientifique. Cette distinction relève de critères spécifiques et mérite d’être conservée afin de ne pas attribuer à chaque fermentation un bénéfice démontré qui ne l’est pas nécessairement.
Les aliments fermentés peuvent-ils réellement modifier le microbiote intestinal ?
Une partie des microorganismes provenant des aliments fermentés peut traverser le système digestif et entrer temporairement en interaction avec l’écosystème intestinal. Cela ne signifie pas forcément qu’ils vont s’y installer durablement. Le microbiote déjà présent constitue une communauté complexe dans laquelle l’implantation permanente d’un nouvel arrivant n’a rien d’automatique.
Un essai mené par Hannah Wastyk et ses collègues, publié dans Cell en 2021, apporte néanmoins un résultat particulièrement intéressant. Trente-six adultes ont suivi pendant 17 semaines soit une alimentation riche en aliments végétaux riches en fibres, soit une alimentation comprenant progressivement davantage d’aliments fermentés. Dans le groupe « aliments fermentés », les chercheurs ont observé une augmentation de la diversité du microbiote au fil de l’intervention.
Ce résultat montre qu’une alimentation comportant davantage de produits fermentés peut modifier certaines caractéristiques du microbiote humain. Il ne démontre toutefois pas qu’un aliment particulier produit cet effet à lui seul. Les participants consommaient différentes catégories de produits fermentés et l’étude portait sur un nombre relativement réduit de personnes.
L’expérience de Wastyk souligne surtout pourquoi il faut raisonner en termes d’alimentation plutôt qu’en recherchant un produit miracle. Une variation mesurable de la diversité microbienne après plusieurs semaines ne signifie ni qu’une bactérie donnée s’est installée définitivement, ni que chaque consommateur obtiendra la même transformation de sa flore intestinale.
Comment intégrer les aliments fermentés sans leur attribuer des vertus universelles ?
Introduire un aliment fermenté peut commencer beaucoup plus simplement que ne le suggèrent certaines routines consacrées au microbiote. Un yaourt fermenté, un peu de kéfir ou une portion de légumes fermentés peuvent s’inscrire parmi d’autres aliments sans qu’il soit nécessaire d’en consommer plusieurs à chaque repas.
La diversité des produits est probablement plus intéressante que la recherche du ferment supposé idéal. L’essai de Wastyk portait justement sur plusieurs catégories d’aliments fermentés et non sur un ingrédient unique. Il serait donc injustifié de transformer ses résultats en recommandation spécifique pour le kimchi, le kombucha ou le kéfir pris isolément.
La tolérance individuelle mérite également d’être prise en compte. Certains produits fermentés peuvent être acides, salés, pétillants ou contenir des composés mal tolérés par certaines personnes. Une gêne après leur consommation ne signifie pas nécessairement que le microbiote doit « s’habituer ». Il peut simplement être préférable de réduire la quantité, de choisir un autre produit ou de ne pas insister si l’inconfort se répète.
Les aliments fermentés occupent ainsi une place intéressante sans nécessiter le discours spectaculaire qui les accompagne parfois. Ils constituent une famille alimentaire particulière dont la fabrication fait intervenir des microorganismes et dont certaines formes peuvent influencer le microbiote. Entre cette observation et la promesse de « refaire sa flore », il reste toutefois une distance que les connaissances actuelles invitent à respecter.